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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
24/06/2019 |
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Data da última atualização: |
24/06/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PERON, F. N.; CALLONI, R.; VENTURA, J. A.; FERNANDES, P. M. B. |
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Afiliação: |
UFES; UFGRS; Jose Aires Ventura, Incaper; UFES. |
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Título: |
Bioinformatics approach to the study of the molecular behaviour of mealybug wilt of pineapple. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Acta Horticulturae, 1239, p. 177-184, 2019. |
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DOI: |
10.17660/ActaHortic.2019.1239.22 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Mealybug wilt of pineapple (MWP) is a disease caused by the Pineapple mealybug wilt-associated virus (PMWaV) complex transmitted by Dysmicoccus brevipes and D. neobrevipes. MWP symptoms are characterized by root dessication, leaf wilting and consequent failure to produce a fruit. The molecular mechanisms involved in the pineapple-PMWaV interaction for MWP symptomatology are still unclear. In this work, mRNAs of asymptomatic and symptomatic pineapple plants were evaluated using Illumina RNA sequencing technology. From a total of 79 million reads per sample, 16,097 genes were identified using STAR aligner and HTseq for paired-end files. Differentially expressed genes (DEGs) between the evaluated groups were estimated using DESeq2 and edgeR, with an FDR cutoff of ≤0.05. A total of 207 DEGs were detected, with 61 upregulated and 146 downregulated in symptomatic plants infected by PMWaV-2. The methodologies improved by the assays presented in this article and the detected DEGs can substantiate further researches with pineapple and the MWP disease. |
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Palavras-Chave: |
Abacaxi. |
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Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; DESeq2; EdgeR; Pineapple; PMWaV; STAR; Transcriptomic. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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005 2019-06-24
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245 $aBioinformatics approach to the study of the molecular behaviour of mealybug wilt of pineapple.$h[electronic resource]
260 $c2019
520 $aMealybug wilt of pineapple (MWP) is a disease caused by the Pineapple mealybug wilt-associated virus (PMWaV) complex transmitted by Dysmicoccus brevipes and D. neobrevipes. MWP symptoms are characterized by root dessication, leaf wilting and consequent failure to produce a fruit. The molecular mechanisms involved in the pineapple-PMWaV interaction for MWP symptomatology are still unclear. In this work, mRNAs of asymptomatic and symptomatic pineapple plants were evaluated using Illumina RNA sequencing technology. From a total of 79 million reads per sample, 16,097 genes were identified using STAR aligner and HTseq for paired-end files. Differentially expressed genes (DEGs) between the evaluated groups were estimated using DESeq2 and edgeR, with an FDR cutoff of ≤0.05. A total of 207 DEGs were detected, with 61 upregulated and 146 downregulated in symptomatic plants infected by PMWaV-2. The methodologies improved by the assays presented in this article and the detected DEGs can substantiate further researches with pineapple and the MWP disease.
650 $aBioinformatics
650 $aDESeq2
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650 $aPineapple
650 $aPMWaV
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653 $aAbacaxi
700 1 $aCALLONI, R.
700 1 $aVENTURA, J. A.
700 1 $aFERNANDES, P. M. B.
773 $tActa Horticulturae, 1239, p. 177-184, 2019.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
05/12/2022 |
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Data da última atualização: |
15/12/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Publicação em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, J. A. da S.; SENRA, J. F. de B.; SILVA, F. G. da; MILHEIROS, I. S.; VEIGA, J. C. da S.; ESPOSTI, M. D. |
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Afiliação: |
Josimar Aleixo da Silva, Bolsista do Consórcio Pesquisa Café; João Felipe de Brites Senra, Incaper; Fernanda Gomes da Silva, Bolsista Fapes. Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper); Idalina Sturião Milheiros., Bolsista do Consórcio Pesquisa Café; João Carlos da Silva Veiga, Bolsista Fapes. Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper); Marlon Dutra Degli Esposti, Incaper. |
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Título: |
Desempenho inicial de genótipos de Café Conilon cultivados em condições contrastantes de altitude. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 1. , Vitória, ES. Desempenho inicial de genótipos de Café Conilon cultivados em condições contrastantes de altitude. Editores, Andre Guarçoni Martins ... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2022. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 26, 2022. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Nas principais regiões produtoras de café conilon, os cafeeiros são cultivados em altitudes inferiores a 500 m. Contudo, diante do cenário de mudanças climáticas globais e a escolha por cultivos em ambientes adversos, como altitudes mais elevadas, objetivou-se avaliar o desempenho inicial de genótipos de Coffea canephora cultivados em ambientes contrastantes de altitude, para identificação daqueles superiores... |
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Thesagro: |
Análise de Dados; Coffea Canephora; Genótipo. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/4274/1/Anais-Simp-Incaper-Pesq-Pag26.pdf
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Marc: |
LEADER 01292nam a2200205 a 4500
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005 2022-12-15
008 2022 bl uuuu u01u1 u #d
100 1 $aSILVA, J. A. da S.
245 $aDesempenho inicial de genótipos de Café Conilon cultivados em condições contrastantes de altitude.$h[electronic resource]
260 $aIn: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 1. , Vitória, ES. Desempenho inicial de genótipos de Café Conilon cultivados em condições contrastantes de altitude. Editores, Andre Guarçoni Martins ... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2022. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 26$c2022
520 $aNas principais regiões produtoras de café conilon, os cafeeiros são cultivados em altitudes inferiores a 500 m. Contudo, diante do cenário de mudanças climáticas globais e a escolha por cultivos em ambientes adversos, como altitudes mais elevadas, objetivou-se avaliar o desempenho inicial de genótipos de Coffea canephora cultivados em ambientes contrastantes de altitude, para identificação daqueles superiores...
650 $aAnálise de Dados
650 $aCoffea Canephora
650 $aGenótipo
700 1 $aSENRA, J. F. de B.
700 1 $aSILVA, F. G. da
700 1 $aMILHEIROS, I. S.
700 1 $aVEIGA, J. C. da S.
700 1 $aESPOSTI, M. D.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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